«Объединение онтологий. От теории к практическому применению»
Ассоциация «Национальная база медицинских знаний» провела конференцию, посвященную технологиям извлечения знаний, языкам представления онтологий, семантическому и онтологическому моделированию, а также технологиям объединения онтологий и трансляции знаний.
На конференции был проведен смотр обзор существующих в России онтологических ресурсов и рассмотрена возможность объединения их в единое семантическое пространство. Были представлены различные платформы для построения и визуализации онтологий, а также методы автоматического построения и ремоделирования онтологий. Участники познакомились с примерами успешных онтологических моделей, используемых в разных областях знаний (лингвистика, медицина, биология, химия, геология, экономика и другие). Акцент был сделан на роли онтологий в извлечении экспертных знаний, машинного анализа текста с извлечением смысла и в обучении нейронных сетей.
С 09:00 – Регистрация участников
10:00 – 14:00 – Доклады участников.
14:00 – 15:00 – Перерыв
15:00 – 15:30 – Доклады участников.
15:30 — 17:00 – Дискуссия.
Программа конференцииДоклады участников конференции
М. Ю.Фролов Онтология обращения лекарств.
Anton Kolonin Foundation Ontology and Semantic Language for Distributed Agents.
В. В. Грибова. Е.А. Шалфеева Облачная платформа для семантического моделирования знаний и данных для медицинской диагностики, планирования медикаментозного лечения, мониторинга и прогноза.
А. Осипов Комплексная совокупная модель данных, доступных в связной форме во всемирных референсных био-медицинских БД.
Anton Kolonin OpenCog, AtomSpace and Structured Language Learning
В.А. Гомболевский Применение машинного обучения для анализа текстов интерпретации скрининга.
В.П. Куприяновский Применение формализованных онтологий.
Г. Суворов Можно ли извлечь новые знания из результатов работы ИИ?
Спикеры конференции
Участник Ассоциации «НБМЗ». Генеральный директор АО «Соцмедика», старший научный сотрудник Национального научно-практического центра сердечно-сосудистой хирургии им. А.Н. Бакулева, врач-кардиохирург, к.м.н.
Член Наблюдательного Совета Ассоциации «НБМЗ». Зав. лабораторией фармакоэкономики, цифровой медицины и искусственного интеллекта НЦИЛС ВолгГМУ, исполнительный директор МОО «Ассоциация клинических фармакологов»,главный внештатный клинический фармаколог Волгоградской области и ЮФО
Школа онтологического мышления
Директор по научным проектам НИУ «ВШЭ»
OSTC
Участник Ассоциации «НБМЗ». Webiomed
К.м.н., врач-рентгенолог, руководитель отдела развития качества радиологии, рук. проекта «Московский скрининг рака легкого», глава комитета по искусственному интеллекту МРО РОРР, доцент кафедры лучевой диагностики EMC Medical School
Заместитель директора центра геопространственного экономического анализа экономического факультета Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова
Руководитель ИТ-проектов в ООО БИОГЕНОМ
Преподаватель Новосибирского государственного университета, основатель проекта «Aigents», архитектор проекта «SingularityNET»
Участник Ассоциации «НБМЗ». Старший научный сотрудник лаборатории Интеллектуальных систем Института автоматики и процессов управления Дальневосточного отделения РАН, доцент, к.т.н.
К.б.н., с.н.с. Института Высшей Нервной Деятельности и Нейрофизиологии РАН, внештатный научный сотрудник Института Теоретической и Экспериментальной Биофизики РАН.
Фотографии мероприятия
Видео мероприятия
Итоги конференции
- По итогам конференции «Объединение онтологий. От теории к практическому применению» были отобраны онтологические платформы в области медицины, биологии и смежных дисциплин, а также онто-редакторы с наиболее развитым функционалом с целью объединения их в единое семантическое пространство.
- Для реализации данной цели, было принято решение создать универсальную среду для обмена данными между разными онтологическими редакторами, через API. Доступ к объединенному формализованному контенту будет осуществляться как через онтологические редакторы партнеров, так и через единый универсальный Viewer, который будет разработан в рамках ассоциации. Таким образом доступ к разнородным онтологическим ресурсам будет возможен из единого окна, вне зависимости от языка представления онтологии.
- В состав НБМЗ вошли 7 онтологических платформ, что стало основой для создания объединенного онтологического ресурса.
- Некоторые онтологические платформы, кроме собственного формализованного контента, используют и/или развивают комплементарность с внешними международными ресурсами, формируя эквивалентные связи между сущностями.
- Иллюстрация карты онтологических ресурсов в РФ и за рубежом (в предметной области)
- В процессе работы над проектом “Объединение онтологий”, сформировано сообщество экспертов из врачей, биологов, IT-специалистов, математиков, руководителей инновационных компаний и соответствующее структурное подразделение в рамках ассоциации — Онтологический Совет Национальной Базы Медицинских Знаний (ОС НБМЗ)
Карта онтологических ресурсов
Онтологические ресурсы, вошедшие в состав НБМЗ
UMKB UMKB — Объединенная База Медицинских Знаний
АО «Соцмедика»UMKB (англ. United Medical Knowledge Base) — Объединенная База Медицинских Знаний, представляет собой семантическую сеть, структурированную на основе медицинских онтологий и принципах нечеткой логики.
UMKB собирает знания и опыт экспертов из разных областей медицины, биол...
Прочитать полностью
MedIACPaaS Медицинский облачный портал IACPaaS для разработки и использования баз знаний и сервисов для поддержки принятия решений
Институт автоматики и процессов управления ДВО РАН (г.Владивосток)Платформа предназначена для обеспечения поддержки разработки, управления и удаленного использования прикладных и инструментальных и...
Прочитать полностью
BioUML Среда для моделирования сложных биологических систем и анализа биомедицинских данных
ООО “Биософт.ру”Первая русскоязычная медицинская справочная система мирового уровня для врачей (руководства по диагностике и лечению, а также дополнительные материалы), созданная в сотрудничестве с Сеченовским Университетом, Фин...
Прочитать полностью
АЛГОМ справочная система для врачей на основе доказательной медицины
Первая русскоязычная медицинская справочная система мирового уровня для врачей (руководства по диагностике и лечению, а также дополнительные материалы), созданная в сотрудничестве с Сеченовским Университетом, Финским научным медицинским обществом DUODECIM и ведущим мировым поставщиком научной медицинской информации EBSCO Publishing, основанная на доказательной медицине и адаптированная для...
Прочитать полностью
BioGenom
Онтологическая база знаний, являющаяся основой для интеллектуальных помощников в области медицины. Благодаря разработанному ризонеру реализуется сопровождение пациента по выявлению определенной группы заболеваний.
Язык представления онтологии: OWL и язык собственной разработки ONT.
Способ визуализации онтологии: Дерево и 2-D графы...
Прочитать полностьюОнтологические платформы для визуализации
и моделирования знаний в составе НБМЗ
О1 — Школа онтологического мышления
Технологии, инструменты, модели для развития Естественного Интеллекта и усиление мышления инструментами Искусственного Интеллекта.
Фокус обучения в школе носит инженерный характер — только практически значимые, верифицируемые, приносящие пользу инструменты.
Концепцией курса является синтез Гносеологии, Аксиологии и Онтологии (ГОА). Мышление, способное управлять процессами их взаимодействия и взаимовлияния обеспечивает цели курса.
Настраивается на любую предметную область, в том числе: Медицина, Биология, Фармакология, Химия, Лингвистика Онтологии высшего уровня и решения задач
Дерево, 2-D графы, 3-D графы, Таблица, Диаграмма, Размеченный текст, Двухоконное (объект|предикат — субъект), Крос-табличное, Паралельные множества, Диаграммы Вена, Санрайз, Потоковые диаграммы, Процессные диаграммы, Гант … более 30 представлений
OSA, KIF, OWL и его расширения. Возможность конструирования дополнительных нотаций
Webstructor — Распределенный редактор знаний
Система распределенного редактирования и визуализации онтологических знаний Webstructor с собственным языком объектно-реляционного семантического моделирования ORL.Комплементарна с внешними ресурсами — OpenCyc.
Настраивается на любую предметную область, в том числе: Медицина, Биология, Фармакология, Химия, Лингвистика
2-D графы, 3-D графы, ORL — язык собственной разработки
ORL — язык собственной разработки
Онтологические платформы для визуализации
и моделирования знаний в составе НБМЗ
Международная систематизированная медицинская номенклатура клинических терминов
Международный словарь нежелательных реакций, возникающих при применении лекарственных препаратов для медицинского применения
Унифицированный язык для разработки компьютерных систем «понимающих» биомедицинскую информацию и информацию в сфере здравоохранения
Таксономическая база данных включающий в себе систематизированную номенклатуру микроорганизмов и около 10% всех остальных известных науке видов жизни на планете.
База данных геномов, элементов генома (генов, регуляторных и структурных элементов и т.п.) и продуктов элементов генома (РНК и белки)
База биомедицинских данных о профилях генной экспрессии
База данных протеомики (строение белков и их функциии)
База данных энзимологии (все о ферментах)
База данных о химических веществах
База данных о качестве пищевых продуктов и медикаментов
База данных объединяющая подробную информацию о лекарственных препаратах
База данных о метаболических и регуляторных путях и их участниках — метаболитах и ферментах
База данных о метаболических и регуляторных путях и их участниках — метаболитах и ферментах
Каталог человеческих генов и ассоциированных болезней
Международная классификация болезней 11-й пересмотр
Биоинформатический проект, посвященный созданию унифицированной терминологии для аннотации генов и генных продуктов всех биологических видов
Всеобщая онтология биомедицины — инициатива научного сообщества по выработке единого понятийного аппарата в различных отраслях биологии и медицины
Язык для описаний и интеграции информации о молекулярных взаимодействиях и биологических процессах (метаболические пути, сигнальные пути, белок-белкове взаимодействия, молекулярные взаимодействия, генные регуляторные сети, генетические взаимодействия)
Представляет собой набор контролируемых реляционных словарей терминов, часто используемых в системной биологии, в частности, в компьютерном моделировании
Англоязычная текстовая база данных медицинских и биологических публикаций, созданная Национальным центром биотехнологической информации (NCBI) на основе раздела «биотехнология» Национальной медицинской библиотеки США (NLM). Ключевой составляющей PubMed является MEDLINE.
Базы данных систематических обзоров и метаанализов, в которых обобщаются и интерпретируются результаты медицинских исследований
Информационный ресурс нового поколения, основанный на доказательной медицине и предназначен для оперативного ответа на клинические вопросы. Контент создается командой врачей мирового класса, каждый из которых эксперт в своей области. Они приносят свой опыт, выбрав лучшие доказательства и придерживаясь строгой доказательной методологии.
Клинические руководства на основе доказательной медицины — международная информационная система поддержки врачебных решений. Представляет собой постоянно обновляемые клинические руководства по диагностике и лечению заболеваний для повседневной работы практикующих врачей всех специальностей первичного звена, основанную на доказательной медицине.
База знаний основанная на фактических данных поддержка клинических решений: краткое и расширенное содержание мировой биомедицинской литературы, охватывающей информацию о лекарственных препаратах, токсикологии, заболеваниях и состояниях организма.
Члены онтологического совета НБМЗ
Врач-кардиохирург, к.м.н., старший научный сотрудник Национального научно-практического центра сердечно-сосудистой хирургии им. А.Н. Бакулева. Генеральный директор АО «Соцмедика». Основатель проекта UMKB.
Школа онтологического мышления
Врач-рентгенолог, к.м.н., руководитель отдела развития качества радиологии, рук. проекта «Московский скрининг рака легкого». Глава комитета по искусственному интеллекту МРО РОРР. Доцент кафедры лучевой диагностики EMC Medical School.
Член наблюдательного Совета НБМЗ. Куратор проекта
д.т.н., зам.дир. по научной работе Института автоматики и процессов управления Дальневосточного отделения РАН
Руководитель рабочей группы рынка Национальной технологической инициативы (НТИ) EnergyNet. Директор школы онтологического мышления — ООО Т-Системы
Руководитель рабочей группы рынка Национальной технологической инициативы (НТИ) EnergyNet. Директор школы онтологического мышления — ООО Т-Системы
к.т.н., преподаватель, Новосибирского государственного университета. Основатель проекта «Aigents», архитектор проекта «SingularityNET», эксперт РСМД
к.б.н., руководитель Института Системной Биологии
к.ф.-м.н., ведущий научный сотрудник НЦ информационных систем мониторинга здоровья человека НИУ ВШЭ
Заместитель директора центра геопространственного экономического анализа экономического факультета Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова
к.б.н., с.н.с. Института Высшей Нервной Деятельности и Нейрофизиологии РАН, внештатный научный сотрудник Института Теоретической и Экспериментальной Биофизики РАН
Врач онколог-эндокринолог, высшей категории, д.м.н., заведующий отделом радионуклидной диагностики и терапии Института онкоэндокринологии.
Врач-клинический фармаколог, к.м.н., зав. лабораторией фармакоэкономики, цифровой медицины и искусственного интеллекта НЦИЛС ВолгГМУ. Исполнительный директор МОО «Ассоциация клинических фармакологов». Главный внештатный клинический фармаколог Волгоградской области и ЮФО
к.ф.-м.н., доцент, зав.каф. математического обеспечения вычислительных систем. Руководитель ИТ-проектов в ООО БИОГЕНОМ
к.т.н., доцент, старший научный сотрудник лаборатории Интеллектуальных систем Института автоматики и процессов управления Дальневосточного отделения РАН